Shopify dispune de un App Store bogat în aplicații și extensii, oferind antreprenorilor posibilitatea de a extinde funcționalitățile magazinului lor în mod facil. Acest aspect este crucial pentru personalizarea magazinului în funcție de nevoile specifice ale afacerii. Shopify oferă o gamă diversă de aplicații pentru gestionarea inventarului, procesarea plăților, marketing, raportare și multe altele.